书名：复杂的引擎（第一推动丛书·综合系列）
作者：约翰·E.梅菲尔德
译者：唐璐
出版社：湖南科学技术出版社
出版时间：2018-01-01
ISBN：9787535794611
第9章 复杂系统
一、复杂系统
2、6种网络
3）基因网络
4）蛋白质组
- 蛋白质的相互作用，有时候也称蛋白质相互作用组，或简称蛋白质组。在分子层面上，细胞中发生的一切几乎都是因为蛋白质与特定的某物结合。这个简单的思想构成了现代生物学观念的基础。
5）生命
据我们所知，所有生命都是基于细胞。
生命与细胞的关系是如此紧密，可以说地球生命就是由这个我们称为细胞的分子活动的小包囊界定的。一些生物由单细胞组成，另一些包括我们自己则是由大量合作的细胞组成。
由生物化学、基因、蛋白质3部分组成的超级网络界定了细胞，决定了细胞如何对环境做出反应，如何随时间变化，以及如何修复自身，但没有解释细胞是如何开始的。那么细胞是什么呢？
根据这里给出的观点，它是由三部分组成的网络，由生物化学、蛋白质和基因调控这三个子网深深地交织在一起组成。
这个超级网络位于一个有结构的和化学的环境中，可以维持和繁殖。这个超级网络具有惊人的特性，它能够自我指令和自我维持。
指令编码在DNA的核苷酸序列中超级网络的节点和边包括DNA序列、蛋白质、蛋白质与其他成分的相互作用、化合物以及化学反应。
DNA序列的合成和表达受蛋白质控制，还有各种化学反应也受蛋白质控制。甚至作为生物化学网络节点的各种化学物质出现在细胞中也是因为蛋白质酶和跨膜传输蛋白质。蛋白质由DNA序列决定，DNA序列反过来又被蛋白质控制、修复和复制。
这个网络极具可塑性，我们身体里细胞类型的多样性，以及自然界中生物和生物行为的多样性，都证明了这一点。所有这些都源自复杂网络与环境的互动。
6）复杂适应系统
- 生物体为复杂适应系统（CAS）提供了最基本的范例。其他例子包括国家经济、蚁群、生态和人脑。所有这些系统都在面对变化的外部事件时表现出一定程度的稳定性。
- 在CAS研究中重要的概念包括涌现、自组织、适应、自稳机制、通信和合作。
- 所有CAS都可以被视为网络进行研究，但不是所有的网络都具有适应性。CAS与其他复杂系统的不同之处在于节点具有记忆。有了记忆就可以在响应时考虑过去发生的事件。在对这些系统的研究中，节点通常被称为“智能体”（agent）。智能体可以很简单，但不能过于简单。