Depmap（CCLE）数据库使用介绍

1. CCLE数据库可以下载细胞系表达数据，可视化需要使用DepMap或者 cBioPortal ，所以CCLE主要通过de pmap可视化
2. Depmap介绍：分析了数百个癌细胞系模型，以获取各个细胞系基因组信息以及对遗传和小分子扰动的敏感性。通过对肿瘤细胞的多重分析和研究试图来识别肿瘤的遗传和药理学依赖性以及预测它们的生物标志物，数据库功能：数据查看以及数据探索，DepMap 当中主要使用了三个方面的数据：

• CCLE
• Achilles(一个肿瘤细胞系进行基因组 CRISPR 研究的组织 )
• PRISM(一个研究基小分子物质对细胞系影响的组织)

1. 查询基因并下载相关数据

   • Step 1 - 直接在网站检索框输入检索内容，如“TP53”

     输入完之后，就可以得到 TP53 这个基因在所有数据当中的情况。其中就包括这个基因在全基因组 CRISPR 当中的情况，基本的分析结构，基因突变和拷贝数变化情况等等
     * Step 2 - 可以在扰动效应( Perturbation Effects ) 查看 TP53 在基因组 CRISPR 当中的重要性。(这里由于我们之前筛选出的细胞系，所以可以看到具体在图形当中标注✨ 的就是 MSI 的细胞系) gene effect 越越提示该基因可能与细胞的生长相关，得分0位不相关，而-1的得分对应于所有常见必需基因的中值。
     * Step 3 - 而在特征(Characterization)则可以观察 TP53 在不同的细胞系当中的各个组学的情况。如表达数据，拷贝数变异，甲基化等，点击某一个特征可以下载该基因在本特征中表达的数据情况
     * Step 4 - predictability可以预测两个特征之间的相关性。

2. 查看和筛选细胞系

   • Step 1 - Cell Line Selector 来选择目标细胞系。
   • Step 2 - 在这里定义好之后，后续的分析都可以对目标细胞系进行特殊的可视化，如果没有，则点击 Creat custom list 来进行细胞系定义，并可以根据表头的信息进行筛选。（可以新建组别，加入符合要求的细胞系，在后续的分析中会显示星星✨）
   • 默认的界面包括了细胞系名称以及细胞系所属组织。我们可以在右侧添加其他信息来进行筛选。例如我们想要筛选具有 MSI 的细胞。就可以添加一个细胞系的 MSI 特征的列。然后通过筛选功能，就可以得到 MSI 的细胞系是哪些了

3. 数据探索-两个特征相关性

   • Step 1 -点击“ data explorer ”
   • Step 2 - 选择X Y轴的项目，右边可以展示两者相关性
   • Step 3 - 选择项目-名称-数据库即可开始plot图，可以下载表达数据。